I. Planear, formular y conducir las políticas y programas para el desarrollo del transporte por agua; de la Marina Mercante, y de los puertos nacionales, con apego a las disposiciones establecidas en esta Ley y demás disposiciones jurídicas aplicables.
II. Representar al país en las negociaciones de los Tratados Internacionales en materia marítima en el ámbito de su competencia; ser la ejecutora de los mismos, y ser su intérprete en la esfera administrativa.
III. Llevar el Registro Público Marítimo Nacional.
IV. Integrar la información estadística del transporte marítimo mercante.
V. Otorgar permisos y autorizaciones de navegación para prestar servicios en vías generales de comunicación por agua, en los términos de esta Ley, así como verificar su cumplimiento y revocarlos o suspenderlos en su caso.
VI. Organizar, regular y, en su caso, prestar servicios de control de tráfico marítimo.
VII. Regular y vigilar que el servicio de pilotaje se preste en forma segura y eficiente, de acuerdo con esta Ley y su Reglamento.
VIII. Organizar, promover y regular la formación y capacitación del personal de la Marina Mercante, así como otorgar certificados de competencia en los términos de esta Ley y su Reglamento; vigilar su cumplimiento y revocarlos o suspenderlos en su caso.
IX. Regular y vigilar la seguridad en la navegación y la salvaguarda de la vida humana en el mar.
X. Establecer las Medidas de Protección Marítima y Portuaria, conforme a lo dispuesto en la Ley de Puertos.
XI. Establecer las bases de regulación de tarifas en la prestación de los servicios marítimos en el territorio nacional, incluidos los de navegación costera y de aguas interiores, cuando en opinión de la Comisión Federal de Competencia Económica no existan condiciones de competencia efectiva.

XII. Solicitar la intervención de la Secretaría de Economía, cuando presuma la existencia de prácticas comerciales internacionales violatorias de la legislación nacional en materia de comercio exterior, así como de los Tratados Internacionales.
XIII. Solicitar la intervención de la Comisión Federal de Competencia Económica, cuando presuma la existencia de prácticas violatorias a la Ley Federal de Competencia Económica, así como coadyuvar en la investigación correspondiente.
XIV. Imponer sanciones por infracciones a esta Ley, a sus reglamentos, y a los Tratados Internacionales vigentes en las materias que le correspondan conforme a este ordenamiento.
XV. Abanderar y matricular las embarcaciones y los artefactos navales como mexicanos.
XVI. Certificar las signaturas, expedir las libretas de mar e identidad marítima del personal embarcado de la Marina Mercante mexicana.
XVII. Vigilar que las vías generales de comunicación por agua y la navegación cumplan con las condiciones de seguridad y señalamiento marítimo.
XVIII. Vigilar la seguridad de la navegación y la salvaguarda de la vida humana en el mar.
XIX. Organizar, regular y, en su caso, prestar servicios de ayuda a la navegación y radiocomunicación marítima.
XX. Inspeccionar y certificar en las embarcaciones y artefactos navales mexicanos, así como en instalaciones de servicios y de recepción de desechos, el cumplimiento de los Tratados Internacionales, la legislación nacional, los reglamentos y las normas oficiales mexicanas en materia de seguridad en la navegación y la vida humana en el mar, así como de prevención de la contaminación.
XXI. Inspeccionar a las embarcaciones y artefactos navales extranjeros, de conformidad con los tratados internacionales que resulten aplicables en el ámbito de su competencia.

XXII. Otorgar autorización de inspectores a terceros, para que realicen la verificación y certificación del cumplimiento de las normas que establezcan los Tratados Internacionales y la legislación nacional aplicable, manteniendo la supervisión sobre dichas personas.
XXIII. Establecer y organizar un servicio de vigilancia, seguridad y auxilio para la navegación en zonas marinas mexicanas.
XXIV. Realizar las investigaciones y actuaciones, así como designar peritos facultados profesionalmente en la materia en los términos del reglamento respectivo y emitir dictámenes de los accidentes e incidentes marítimos en cualquier vía navegable.
XXV. Coadyuvar en el ámbito de su competencia con la autoridad laboral, para el cumplimiento de la resolución de los conflictos marítimos de naturaleza laboral.
XXVI. Nombrar y remover a los capitanes de puerto.
XXVII. Dirigir, organizar y llevar a cabo la búsqueda y rescate para la salvaguarda de la vida humana en el mar en las zonas marinas mexicanas, así como coordinar las labores de auxilio y salvamento en caso de accidentes o incidentes de embarcaciones y en los recintos portuarios.
XXVIII. Integrar la información estadística de los accidentes en las zonas marinas mexicanas.
XXIX. Administrar los registros nacionales de la gente de mar y de embarcaciones, conforme a lo dispuesto en el reglamento respectivo.
XXX. Las demás que señalen otras disposiciones jurídicas aplicables.